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国际植物表型网络(IPPN)2017年度报告

发布时间:2017-12-27|点击:2845

        近期,国际植物表型网络International Plant PhenotypingNetwork,IPPN)发布了2017年度报告,中心杨万能老师对该报告进行了翻译整理,并与国内广大植物表型从业人员分享。


摘要


        IPPN旨在促进全球范围内重要植物表型鉴定中心之间的讨论交流,并与来自学术界和工业界的表型科学家,用户和技术开发者进行讨论。主要活动包括:


  • 组织第四届国际植物表型研讨会。 IPPN近年来组织了国际植物表型研讨会(Canberra 2009,Jülich2011,Chennai 2014,CIMMYT 2016)。 最后一次研讨会CIMMYT 2016是IPPN成立之后的第一个非盈利性组织研讨会(2015年12月)。

  • 扩展会员资格。自此,IPPN e.V.已经成为整合植物表型活动的重要核心,从2015年11月成立以来,从17个增加到30个机构成员。

  • 建立和运行专题工作组。主要议题由成立工作组的委员会成员确定。目前有五个工作组正在开展相关科研与业务活动,另有两个正在筹备中。

  • 表型延伸传播活动。IPPN网站正在成为植物表型群落的重要信息平台,例如,拥有表型设施的数据库现在涵盖了超过70个全球表型设备。 为了进一步传播和促进植物表型活动,IPPN现在有一个Twitter账号和一个YouTube频道,可以观看2016年CIMMYT主办的第四届IPPS演讲,以及2015年巴塞罗那研讨会的演讲。弥补了未参会而又想了解前沿表型组动态小伙伴们的遗憾。

  • 扩展IPPN会员。目前,IPPN正致力于扩大其会员资格,并修改现行法规,下一步能够促进工业界代表进入表型行业学术圈交流。

Ⅰ. 2017 IPPN主要活动


1.1国际植物表型研讨会(IPPS)和表型会议


1.1.1基于第四届IPPS的特刊


        参与组织第四届IPPS的IPPN同事与Matthew Reynolds共同担任总编,正在组织一期《Crop Science》特刊。


        下一步: Matthew Reynolds正在撰写杂志评论。


1.1.2“IPPN象征树”


        IPPN办公室正协调在国际植物表型组研讨会的各个举办地(堪培拉,Julich, Chennai, El Batan)种植象征树,并建立一个network。


1.1.3会议精简和协调


        为了精简会议,尽量减少重叠的国际表型会议,IPPN办公室联系了其他会议组织者(包括ASPBCPPNLatPPN等),将重点放在植物表型技术本身上,并与他们讨论如何协调会议。许多组织都表示有兴趣与IPPN合作以减少潜在的会议冲突。


1.1.4阿德莱德第五届表型组国际会议


        IPPN在阿德莱德大学的同事和APPF正在就2018年10月在阿德莱德举办的第五届IPPS与IPPN工作组合作

1.2会员


1.2.1新成员


        在大会正式批准之前,IPPN欢迎新成员的加入:

  • 德国弗劳恩霍夫研究所The Fraunhofer Institute

  • Noble Research Institute

  • 以色列:希伯来大学,特拉维夫大学和魏茨曼科学研究所

  • 日本:Kazusa DNA研究所和东京大学


        下一步:IPPN成员和IPPN办公室应进行互动,以进一步增加成员数量 - 特别是在目前没有IPPN成员的国家。根据上次IPPN委员会的建议,IPPN提出如何支持发展中国家的成员资格的建议。


1.2.2行业互动和会员选择


        大会授权IPPN执行委员会开始与工业界讨论IPPN内潜在的相互作用。CIMMY的IPPN研讨会期间,在Jülich主导的表型研讨会上,组织了两次面对面的会议。此外,与IPPN理事会确定的行业成员进行了一些视频会议讨论。目前,多个工业界成员提供了加入IPPN的意向书。在讨论的基础上,IPPN起草了一个新版本的章程,修改成包括工业界成员。


1.3支持5个工作小组


        IPPN办公室支持他们组织部分会议(例如公告等),跟踪活动并要求工作组的业务计划。目前,每个工作组根据其提供的商业计划获得每年5000欧元的支持,该计划经IPPN董事会批准。


        为早期职业科学家提供旅行补助;


        IPPN委员会决定支持早期的职业科学家提供差旅补助金,参加CIMMYT的第四届IPPS,授予:

  • Konstantinos N. Blazakis博士,希腊干尼亚地中海农艺研究所

  • Sruti Das Choudhury博士,美国内布拉斯加州大学

  • Tove Sundgren女士,挪威生命科学大学


        此外,在工作组活动的框架内,还支持进一步的早期职业科学家参加第4届IPPS的卫星会议:

  • Saoirse Tracy博士,爱尔兰都柏林大学

  • Christian Kuppe, 德国Forschungszentrum Jülich

  • Alexander Bucksch, 美国佐治亚州大学


        最后,在密苏里州的IPG根系生物学会议的与会者得到了根系工作组框架的支持:

  • Shirley Nichols博士,新西兰AgResearch

  • Mina Rostamza博士,普渡大学

  • Hannah Schneider女士,宾夕法尼亚州立大学


        下一步:继续开展这项活动,增加年轻研究人员参与IPPN研讨会的工作。

1.4通讯


1.4.1网站更新


        IPPN网站进一步扩展:

  • IPPN网站上的活动和新闻页面已经建立。 所有IPPN成员都可以将新闻和活动发送到IPPN办公室,并与整个世界分享。

  • 平台数据库包含来自全球各地的70多个表型平台详细说明;数据库的功能正在重新配置,以便成员可以编辑自己的平台列表。

  • 网站添加并包括IPPN内部可下载文件。

  • 可用于支持WG活动的会议组织。

  • 专家数据库即将完成,以使IPPN成员能够描述其最新进展和概况


1.4.2社交媒体和互联网


        为了更广泛的传播IPPN的信息并分享同事的活动,我们建立了一个Twitter帐户。


        为了分享在IPPN活动上的谈话,我们建立了自己的YouTube频道。您可以在频道上找到座谈会和研讨会的谈话。

        Twitter:https://twitter.com/IPPN

        YouTube: https://www.youtube.com/channel/UC7uUa8CGxCuGCgT4YVUffwQ

Ⅱ. 2018年IPPN办公室活动计划


        在2018年,如果我们把IPPN扩大到工业界,我们将迎来大约15名新成员。这些新成员中的大多数来自于工业界,更多来自学术界,主要来自我们已经讨论过的单位。


        IPPN办公室提出:

  • 成立新的工作小组:我们预计将启动新的工作组,并且现有的工作组将开展工作,以便于2018年开展大约八到十个专门工作组活动,并得到IPPN的支持。

  • 开展培训活动。IPPN还将专门与工作组密切配合,促进培训活动的发展。这些活动应针对引进和招聘更多的年轻研究人员进行植物表型鉴定,确定培训需求,并发现如何满足日益增长的表型需求。

  • 继续支持早期的职业科学家。与前一年一样,但由于预期会员人数增加,IPPN将进一步支持早期职业科学家提供差旅补助金,以便可以在IPPN活动上展示他们的工作,例如计划2018年在阿德莱德举办的研讨会和其他工作小组会议。

  • 鼓励与工业界的联系。为了充分利用预期工业界成员的加入,IPPN还将致力于探讨专门为鼓励和支持产学研交流的研讨会的机会。

  • 提高新兴国家的成员资格。来自发展中国家的成员数量较低,IPPN也希望确定和开展吸引包括发展中国家成员的活动,以扩大植物表型国际影响力。

  • 进一步发展沟通。IPPN还将通过专门的通讯促进网站之外的沟通,收集和共享整个表型学术界的信息。

 

Ⅲ. 工作组


3.1低成本表型技术研究小组


        目标:本工作组侧重于低成本和便捷的表型技术,以加强传播现代表型的概念和方法。 应该解决更广泛的植物科学和繁殖群体直接获取和使用现代表型装置和概念的需求,以满足表型技术多样化需求。


        活动:工作组于5月15日至17日举行了第一次研讨会,该研讨会吸引了来自世界各地的40多名与会者。研讨会侧重于低成本的表型分析方法,并且还有表型仪器实际操作的示范。工业界也有很好的代表,这可能为IPPN拓展未来的会员基础铺平道路。会议报告已经发布在网站上。


        2018年计划:

  • 主要活动将于2018年在阿德莱德召开的IPPN研讨会上组织研讨会。将提出讲习班的概念,并须经理事会核准。

  • 计划在2018年继续并完成一份涵盖低成本方法的新兴需求和示例应用的手稿。这将是明年工作组的具体成果。


3.2表型成像工作组


        目标:工作小组的目的是通过为开发者和用户提供一个讨论新出现的挑战、方法、技术和应用的论坛,来推进基于图像的植物表型的方法研究。通过设立这个工作组,国际社会将有一个在项目之外进行互动的平台。


        活动

        ) 成像工作组正在运行一系列有关主题的在线网络研讨会。这些网络研讨会旨在增加网络和信息共享。会员可以观看国际专家的现场对话,提问,并通过音频和文本聊天工具讨论问题。

在线研讨会加入地址: http://join.me/plant-phenotyping

网络研讨会录音网站(https://www.plant-phenotyping.org/Imaging-Workgroup-Webinars)


  • 6月份,成像作组举办了首个网络研讨会。Pouria Sadeghi-Tehran的演讲“高通量现场表型自动化机器人系统”,为研讨会的参与者介绍了自动化现场表型分析技术。

  • 成像工作组在8月份举行了第二次在线研讨会。计算机视觉实验室的成员、诺丁汉大学计算机科学学院的助理教授Michael Pound解释了CNNs的背景,他们与传统的机器学习有何不同,是什么使他们如此强大。Michael讲述了他们是如何在实践中训练和使用的,以及这对植物表型的特殊意义。


        成像工作组计划在未来举办更多的网络研讨会,以涵盖相关主题,旨在发挥指导作用,增加网络和信息共享。


        ) 2017年10月,成像工作组在ICCV上举行CVPPP研讨会。ICCV是全球范围内最有声望的国际计算机视觉会议。今年在意大利的威尼斯举办。成像工作组获得了工业界的部分赞助,以支持受邀演讲者的旅费。


        ⅲ) 成像工作组也于7月份在瓦赫宁根开设了暑期学校。暑期学校的重点是对植物的表型做一个概述,参与者主要是未来的科学家和学生。


        ⅳ) 成像工作组活跃于网络。要了解更多有关他们的活动,请访问以下链接,这些链接可在他们的主页上访问):

网络研讨会:https://www.plant-phenotyping.org/Imaging-Workgroup-Webinars

        博客:https://plant-phenotyping.tumblr.com/Twitter

        推特:https://twitter.com/IPPNImagingWG


        2018年计划

        研讨会

  • 日期待定:IAMPS @ Nottingham。目标观众:注重实践的植物生物学家

        网络研讨会

  • 下一次研讨会正在筹备中,日期待定。

  • 在提供离线版本之前,需澄清法律限制。


3.3根系表型工作组


        目的:工作组旨在成为一个论坛,以确定根系表型的科学和技术界限,促进根系表型研究,加快应用于全球农业和环境挑战。


        活动:为了支持早期职业科学家,根系表型工作组再次向在美国密苏里州参加IPG根系生物学会议的三名受助者提供旅行补助(https://www.plant-phenotyping.org/travel_grant_Root_Biology_Meeting)。 三名接收人是:

  • Shirley Nichols博士,新西兰AgResearch

  • Mina Rostamza博士,普渡大学

  • Hannah Schneider女士,宾夕法尼亚州立大学

        三名接受人在会议上出示了一张密苏里州的海报。

        该组织欢迎诺布尔研究所的Larry York作为新的委员会成员。


        2018年计划

        面对面会议:

  • 为了保持与相关国际科学会议的联系,工作组将于2018年7月8日在ISRR国际基础研究学会第十次会议上组织一次会议。欲了解更多信息,请访问:http://www.rootresearch.org/

        田间根系表型培训研讨会

  • 加上2018年澳大利亚阿德莱德,工作组将在第5次IPPS上举办卫星会议。


        2019年计划

        根系表型研讨会

  • 美国阿德摩尔诺贝尔研究院将于2019年3月至6月举办一场研讨会。研讨会将包括发言人和实践练习。基本根系表型将包括“蓝皮书”方法,根瘤菌,根冠表型,土壤取心,洗涤,扫描等。我们将尝试解决从实验室到现场,从实惠到昂贵的方法。试着从开始到结束都要从头开始。包括一些图像分析和统计分析。

白皮书

  • 工作组正在研究一份白皮书:“如何将数据管理的公平原则付诸实践?”将传达给资助机构、全球研究机构(如CGIAR)和其他利益相关者。


3.4种子表型工作组(SPWG)


        目的SPWG应以加强种子表型创新为首要目标,切实加快具体目标的进展。具体目标包括:

  • 为IPPN会议提供建设性的意见,并阐述利用新技术发展种子库和创新农业的好处;

  • 在表型数据方面促进种子库的数据共享和交换,互用性,数据使用,数据分析和最佳实践;

  • 通过合作、倡导、研究、开发和实施多学科的资源和机会,建立一个植物表型支柱模型。


        活动:于2017年9月在德国举办的“圆桌讨论:种子与种质表型”,在种子库和表型技术社区中建立起动力和兴趣,并与DivSeek GG:基因库表型进行合作。


        2018年计划

        通过各成员和部门的专业发展,建立种子库的表型能力。

        第二届亚太植物表型国际会议(2018年3月,南京)


        2019年计划

        继续发展战略联盟和伙伴关系,通过联合研究和出版物来促进种子表型分类,并实现技术进步的更大影响力。


3.5国际受控环境植物表型组(ICEPPG)


        目的ICEPPG专注于评估在明确的实验条件下模拟各种现在和未来气候情景的植物性能特征,并旨在将研究人员聚集在一起,模拟不同受控环境中运行植物表型平台,研究人员包括植物遗传学家,(生态)生理学家,发育生物学家,农艺学家,气候研究员,土壤学家,生物信息学家和生物学家,以及与植物发育、生理过程和气候情景建模相关的其他相关领域的科学家,传感技术开发者使用设施或贡献的概念,技术和方法开发。


        活动:计划于2018年开展新活动。


        2018年及以后的计划:

  • ICEPPG将为ICEPPG成员和相关团体在受控环境设施现场组织一系列的现场座谈会:第一届ICEPPG座谈会将于2018年秋季在ICEPPG的IPK会议成员间举行,同时从已成立的工作组如NCERA-101,NCR-101,UK CEUG,GCEUG等邀请嘉宾发言,旨在与植物栽培大厅中新型表型平台的开幕共同举办。

  • 随后将会在其他的受控环境设施现场进行一系列的现场讲习班,包括操作演示和为与会者提供经验/培训(在适当的情况下)。

  • ICEPPG将进行卫星会议活动(例如国际植物表型研讨会,国际植物学大会,PAG会议,植物生物学国际会议,EPSO / FESPB会议,ASPB会议,气候变化/农业会议,EUCARPIA会议等),让更多的植物表型和植物生物学社区关注ICEPPG及其活动,并使ICEPPG接触到更多的社区。

  • ICEPPG将撰写并出版(在2019年)一份白皮书,作为IPK最初现场研讨会的后续工作,介绍受控环境植物表型分类平台和程序的当前概念和用途(包括现有计划的概况、设施和能力)以及进一步发展的选择和要求。本文的执行摘要以及有关ICEPPG信息的传单以及ICEPPG活动(研讨会)的公告将通过在国际会议上分发的方式向投资机构和研究机构提供信息。


3.6 IPPN数据管理(IDaM)


        目的:进行中

        活动:进行中

 

3.7 深度植物表型分析


        目的:进行中

        活动:新成立于2017年